En el siglo IV empiezan a gestarse las disensiones entre las Sedes de Roma y Constantinopla. Se unen varios problemas:
1) Tendencia de la Sede Constantinopolitana a aceptar los dogmas cambiantes de los emperadores frente a la más firme ortodoxia romana. Así:
- Durante las querellas cristológicas Roma se mantiene fiel al diofisismo calcedoniense mientras que Constantinopla acepta las tesis monofisitas, semimonofisitas, monoenergéticas y monotelistas
- En la controversia de las imágenes Roma es siempre iconodula
2) Problemas de la primacía mal resueltos por el canon 3 del Concilio de Constantinopla de 381 y el 28 del Concilio de Calcedonia de 451
En los siglos X y XI esto se complica con:
- Negativa constantinopolitana a admitir la procedencia de Dios Hijo respecto al Espíritu Santo (cuestión del Filioque)
- Disputas entre Roma y Constantinopla por el control de la Iglesia Búlgara
- Odio del emperador Basilio II Bulgaróctono a Otón II y Otón III de suerte que Basilio II apoya a todos los antipapas romanos
En los años medios del siglo XI el Patriarca Ecuménico Miguel Cerulario escribe unos panfletos antirromanos que afectan a problemas litúrgicos y al tema del Filioque. Sobreviene entonces la doble excomunión de 1054 levantada por Pablo VI y Atenágoras en 1964.
El cisma de 1054 agrava los problemas que el Imperio Bizantino tiene con los turcos selyúcidas. Éstos habían sido expulsados del Asia Central por chinos y mongoles. Los turcos selyúcidas se refugian en el sur y sureste del Mar Caspio. Allí experimentan dos procesos bajo la rectoría de Selyuq:
- Se convierten al Islam Sunita
- Sirven de mercenarios a los samaníes
Los turcos selyúcidas se convierten en vecinos muy incómodos de los gaznavíes quienes les acaban entregando el Khorasán. Los turcos selyúcidas no se contentan con dicha entrega. En 1040 derrotan a los gaznavíes.
Los turcos selyúcidas constituyen el origen de la actual Turquía. Conquistan:
1) Persia tanto la regida por los gaznavíes como la que gobiernan los bulles
2) Bagdad en 1055. Allí respetan la autoridad religiosa del Califa Abbasí aunque es el sultán turco quien controla las actividades políticas y militares. Tugril es el primer sultán turco
3) Armenia donde provocan el exilio de muchos de sus naturales cristianos
4) Anatolia donde derrotan a los bizantinos en 1071 (batalla de Manzikert) asentándose su dominio en la parte meridional de Asia Menor
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